《楞迦经玄义》二卷《楞迦经义疏》九卷
《盂兰盆经新疏》一卷《占察善恶业报经玄义》二卷
《占察善恶业报经义疏》四卷《金刚般若经破空论》一卷
《金刚般若经观心释》一卷《般若心经释要》一卷
《法华经会义》十六卷《法华经纶贯》一卷
((佛遗教经解》一卷《四十二章经解》一卷
《八大人觉经略解》一卷《阿弥陀经要解》一卷
《梵网经菩萨心地品合注》七卷《梵网戒本经笺要》一卷
《梵网经菩萨心地品玄义》一卷《四分律大小持戒犍度略释》一卷
《斋经科注》一卷《优婆塞五戒相经笺要》一卷
《羯磨文释》一卷《在家律要后集》三卷
《律要后集》一卷《梵网经忏悔行法》一卷
《毗尼事义集要》十七卷《沙弥十戒威仪录要》一卷
《大乘起信论裂网疏》六卷《唯识心要》十卷
《三十唯识直解》一卷《大乘百法明门论直解》一卷
《观所缘缘论直解》一卷《观所缘缘论释直解》一卷
《因明入正理论直解》一卷《大乘止观法门释要》六卷
《八识规矩颂直解》一卷《唐奘师真唯识量略解》一卷
《六离合释法式略解》一卷《教观纲宗》一卷
《法华玄义节要》二卷《占察善恶业报经忏仪》一卷
《赞礼地藏菩萨忏仪》一卷《大悲行法辩伪》一卷
《阅藏知津》四十八卷《法海观澜》二卷
《绝余编》四卷《见闻录》一卷
《辟邪集》一卷《灵峰宗论》三十七卷
《选佛谱》二卷《重订诸经日诵》二卷
《周易禅解》十卷《四书解》卷数不详
蕅益之意以为佛教各宗,虽分派相争;然元来目的则一,不外乎明其自心而已。故唱诸宗融合一致论;谓佛教有教、禅、律三大区别:禅为佛心;教为佛语;律为佛行;此三者具备,始为完全佛教;执一以相争者,乃学者之误谬;此蕅益对于佛教思想之大体也。
总之,宋以后之佛教,唯禅独盛;以无所羁束为高,其弊在放浪;因惹起其他教律之抗争,不易一致;故眼光高大者,或谓禅、教一致,或唱三学一源,以企其融合;其教中则以天台、华严、法相、念佛四者为主要也。此教、禅、律三者一致论之结局,而蕅益大师于是出世矣。蕅益之地位,于其著述之广,可以知之。元代虎溪怀则著《佛心印记》,对抗禅宗、华严宗,以天台为佛祖正传之心印,乃最有名之学者也。
佛教内部既有融合论;而对于道、儒二教一致之论亦渐起;佛教徒注儒书及老、庄,以谋发挥其旨者亦渐多。但老子与佛教类似之处颇多,故其间争论亦烈;同时亦有相近之倾向。始于南北朝时代,前既言之矣。儒家与佛教之性质,相去较远;儒为世间法,可称政治学;佛为出世间法,属于宗教;范围不同,故其争较少。降及宋世,理学勃兴;形而上的宇宙论,近于佛老所谈;争端复烈,势所必然。盖宋儒之学问,大都受佛教影响;其后王阳明之良知说,亦决不能出佛教之范围;而与儒教以莫大影响者,自属当时最盛之禅宗。于是佛儒因性质类似而相争;未几,又产出融合论矣。
佛教徒中,攻击儒教最有名者,莫如宋之契嵩。其《镡津文集》中,载有《非韩》三篇,取韩退之之文,一一驳诘,殆无余蕴。然就其《辅教编》观之,契嵩受儒教影响亦颇甚;其孝论,即以佛教而融合儒的世间教;此契嵩所以为儒佛一致论者中之最古者也。当是时,欧阳修、李泰伯,盛为排佛论;契嵩往晤李泰伯,论儒释吻合,为之作《原教》、《孝论》。泰伯颇喜其文,异其说,致书欧阳修誉之。
其后明之愿证,著《观幻子》谓合儒释一贯之妙;沈士荣著《续原教论》,讨论三教异同;姚广孝出《道余录》,驳二程朱子之说;明太祖亦有《三教论》、《释道论》。此外禅僧中,有论道儒二教者;儒者中,亦多有论佛教者;今姑从略;惟就明末最后出之三教融合论者,憨山、蕅益二人述之:
憨山有《中庸直指》、《老子解》、《庄子内篇注》等书;蕅益有《四书解》、《周易禅解》等书;憨山之《老子解》,卷端有《观老庄影响论》一名《三教源流同异论》,其主张三教一致,最为明显;实欲以禅意使三教合一者也。其文曰:“余尝以三事自勖曰:不知《春秋》,不能涉世;不知老庄,不能忘世;不参禅,不能出世;知此,可与言学矣。”又曰:“孔子,人乘之圣也;故奉天以治人;老子,天乘之圣也;故清净无欲,离人而入天;声闻缘觉,超人天之圣也;故高超三界,远越四生,弃人天而不入;菩萨,超二乘之圣也;出人天而入人天,故往来三界,救度四生,出真而入俗;佛则超圣凡之圣也;故能圣能凡,在天而天,在人而人,乃至异类分形,无往而不入。”由此观之:憨山三教一致之要领,可以知矣。